Geschiedenis en mythologie lopen in Mykene door elkaar heen, zoals verder nergens anders in Griekenland. Volgens Homeros (en Pausanias) is de stad Mykene gesticht door Perseus, toen hij terug was in Argos. Uiteindelijk werd de dynastie van Perseus omvergeworpen door Pelops de zoon van Tantalos. Het geslacht van Atreus, waartoe ook Agamemnon behoort, is vermoedelijk af te leiden van de nakomelingen van Pelops, alhoewel de details obscuur zijn. In elk geval was ten tijde van de Trojaanse oorlog het huis van Atreus het machtigst in Griekenland.
Historisch gezien werd de plek van het latere Mykene al in het 6e millenium voor Christus bewoond. Tussen 2100 en 1900 voor Christus trok een volk van Indo-Europese origine Griekenland binnen en bracht de plaatselijke bevolking een cultureel geavanceerde beschaving, die na opname van de plaatselijke cultuur tot bloei zou komen als de mykeense beschaving, genoemd naar z’n machtigste koninkrijk Mykene. Andere koninkrijken van deze cultuur waren Athene, Korinthe, Argos, Thebe en Iolkos. De stad Mykene, en vermoedelijk net zo de andere centra van deze cultuur, bestond uit een versterkte citadel, een paleis en een omringende nederzetting. De muren waren zo enorm (13m. hoog, 7 m. dik) dat de latere Grieken ervan uitgingen dat ze alleen door de cyclopen konden zijn gebouwd, éénogige reuzen zoals ze in de Odyssee worden beschreven. Rond 1200 voor Christus werden de meeste Mykeense centra verwoest, vermoedelijk als gevolg van dezelfde volksbewegingen en gewelddadige raids die een einde maakten aan het koninkrijk van de Hettieten en die bij de Egyptenaren bekend stonden als de aanvallen ( en de volksverhuizingen) van de Zeevolkeren. De meeste Mykeense paleizen waren in elk geval al verwoest zo’n 150 jaar voordat de Doriërs kwamen, het werk van invasies van buitenaf, of van burgeroorlogen en overvallen van de Mykeense centra op elkaar.
Van de Mykeense resten die door Pausanias werden gezien staat het grootste deel nog steeds overeind, van de beroemde leeuwenpoort tot aan de minstens even beroemde “schathuizen” als die van Atreus en zijn kinderen, in feite geen schachtgraven, maar Tholos-graven. De door Pausanias genoemde graven binnen de muren zijn zeer waarschijnlijk te identificeren met de koningsgraven van grafcirkel A direct achter de Leeuwenpoort. Opgravingen sinds Heinrich Schliemann hebben meer en meer resten en kunstwerken van de oude Mykeense beschaving blootgelegd, die voor het grootste deel in het nationaal museum in Athene worden bewaard, maar waarvan replica’s te zien zijn in het nieuwe museum ter plekke. De beroemdste kunstwerken zoals het zogenaamde “ masker van Agamemnon” komen uit de graven van de beide grafcirkels en zijn zeker 300 jaar ouder dan Agamemnon.
De muren van Mykene, met daarin o.a. de beroemde Leeuwenpoort, dateren uit de bloeitijd van de Mykeense cultuur. Andere belangrijke elementen van de Mykeense muren zijn de onderaardse cisterne, zo’n 18 m. onder de oppervlakte en 40 m. buiten de muren. Alhoewel de passage goed bewaard is gebleven, is het tegenwoordig niet mogelijk erin af te dalen, in tegenstelling tot enkele jaren geleden. De totale lengte bedroeg 18 + 20 + 60 tredes.