Byzantium: keizerrijk van Nikaia
De laat-Byzantijnse periode begint al snel na de komst van de Franken naar Griekenland en de stichting van de Latijnse Staten. In noordwest-Griekenland wist een deel van het Byzantijnse rijk stand te houden als het onafhankelijke despotaat van Epirus. Een ander deel had stand gehouden in Klein-Azië, en wordt keizerrijk van Nikaia genoemd, de kiem van een zich weer oprichtend Byzantium. Opgericht door Theodoros Laskaris, de schoonzoon van een eerdere keizer, zou het blijven bestaan tot 1261, toen zijn troepen Byzantium op de westerse keizer heroverden. Vanaf dat moment zouden de heersers van Byzantium alles in het werk stellen om zich meester te maken van de verloren gebieden. Dom genoeg verplaatsten zij hun meeste troepen van Klein-Azië naar Europa, waardoor Klein-Azië uiteindelijk niet de troepen had om een verdere Turkse opmars te weerstaan.
De Peloponnesus: despotaat van de Morea
In 1259 streed William de Villehardouin in de slag bij Pelagonia tegen de troepen van de keizer van Nikaia, als bondgenoot van de despoot van Epirus. Hij werd echter verraden door de Epiroten en gevangen genomen. Als prijs voor zijn vrijheid werd de Villehardouin gedwongen drie van zijn sterkste kastelen op de Peloponnesus aan de Grieken prijs te geven, die daarop bij het oude (en verlaten) Sparta een tweede hoofdstad bouwden, het schitterende Mystras. Het despotaat van de Morea was geboren. Vanaf dat moment zou de Peloponnesus het strijdtoneel blijven tussen de heersers van Mystras en de Frankische prinsen van Achaia. Ironisch genoeg waren het de Byzantijnen die keer op keer Turkse huurlingen wierven. In de 14e eeuw werd het prinsdom van Achaia onderwerp van een machtsstrijd tussen alle grote vorstenhuizen van het westen, totdat in 1432 Thomas Palaiologos – dan despoot van de Morea – erin slaagde het prinsdom in te lijven door een huwelijk met de dochter van de laatste “onafhankelijke” prins van Achaia, Ladislaus de koning van Napels. Toen in 1453 de Turkse sultan Mehmet II ‘de Veroveraar’ Byzantium belegerde, stuurden de heersers van Mystras (twee broers van de keizer) geen hulp, uitgeput door voortdurende interne strubbelingen. De Grieks-Albanese bevolking van de Peloponnesus kwam in opstand tegen Mystras, dat antwoordde door de Turkse sultan om hulptroepen te vragen! Tot twee keer toe vroegen Thomas en Demetrios Palaiologos de Turken om troepen, totdat Mehmet zelf overstak naar Griekenland en bleef. Bijna heel Griekenland (en grote delen van de Balkan) was ingelijfd in het Ottomaanse rijk .