Een klein, maar erg fraai museum, is dat van Marathon, enkele kilometers vanaf de bekende grafheuvel. In het museum worden talloze vondsten getoond van het rijke verleden van de regio, met een pre-historisch (Midden-Helladisch 2000-1600 v.C.) grafveld bij Vranas, waar onder meer 7 grafheuvels zijn opgegraven , elk 1.5 m. hoog en omringd met een circel van stenen. Elke heuvel lag in een grotere hof, met daarin meerdere kistgraven. De doden lagen in foetus-houding en hadden terracotta vazen meegekregen, sieraden en gereedschappen van steen en metaal. Een nog ouder grafveld (3200-2000 v.C.) is opgegraven in Tsepi, met daarin o.a. Cycladische idolen en ander typisch Cycladisch vaatwerk.

         De belangrijkste reden om het museum te bezoeken is echter dat enkele zalen zijn gewijd aan de onwaarschijnlijk rijke Athener Herodes Atticus (101-177) die was geboren in Marathon en daar een groot landgoed bezat. Net als veel tijdgenoten zocht Herodes Atticus zijn religieuze beleving niet meer in de klassieke goden, maar richtte hij zich op een of meerdere mysterie-godsdiensten. Zo liet hij in de buurt van zijn landgoed een heiligdom oprichten voor de verering van Isis, een Egyptische godin die een leven na de dood beloofde. Dit heiligdom, gelegen vlak aan zee bij het plaatsje Brexiza, is buitengewoon fraai bewaard en is toegankelijk tijdens de openingsuren van het museum. De vele fraaie Egyptisch ogende standbeelden staan in het museum van Marathon, met betonnen replica’s ter plekke. De resten van een groot badhuis (ook gebouwd door Herodes Atticus) liggen ernaast.